Existen
indicios de la presencia de seres humanos antes de la conquista y el
surgimiento del imperio inca, ya que se han encontrado restos antiquísimos
como los petroglifos en los ríos de Palotoa, Shinkebenia y Urubamba.
En la cordillera de Pantiacolla, en las cabeceras de Madre de Dios,
también hay petroglifos y restos antiguos que atraen a los arqueólogos.
Se
estima que las primeras poblaciones de Madre de Dios debieron aparecer
hace miles de años y se cree que los arahuacos o sus antecesores,
los proto arahuacos, llegaron vía migración, derivándose
a partir de ahí muchas etnias, relacionándose posteriormente
con los incas y los españoles. Algunas tribus como los Machiguengas,
sobreviven hasta nuestros días.
Lo
que hoy se conoce como Madre de Dios, formaba parte del antiguo imperio
inca, en la región conocida como Antisuyo. Sin embargo poco es
lo que se sabe de su formación con exactitud. Inclusive, algunas
crónicas del Inca Garcilazo de la Vega han sido puestas en tela
de juicio por los datos contradictorios que existen. Sin embargo, los
historiadores coinciden que la conquista de esta región fue difícil
para los incas pues debieron enfrentar a tribus aguerridas y conocedoras
de la zona que diezmaron a diferentes ejércitos conquistadores.
Durante
la colonia se realizaron expediciones con resultados trágicos
para los aventureros quienes murieron a manos de las diferentes tribus.
Recién en 1567, al mando de 250 hombres, Juan Alvarez Maldonado
llega bastante cerca a lo que hoy es Madre de Dios. Posteriormente,
en 1861, el coronel Faustino Maldonado la recorre en su real magnitud
llegando al límite con Brasil.
El
26 de diciembre de 1912, se crea el Departamento de Madre de Dios y
se señala como capital a Puerto Maldonado.